El CeMuPe ocupa dos edificios:
- EDIFICIO ANEJO:
Destinado a la recepción de visitantes, despacho de gestión y dirección y aseo privado. Existen aseos públicos con accesos independientes desde el patio trasero.
- EDIFICIO PRINCIPAL:
Está ocupado íntegramente por la exposición propiamente dicha. Su acceso se produce desde la puerta del patio permitiendo una distribución y circulación longitudinal y cronológica.
En la entrada nos encontramos con cuatro paneles que reciben al visitante:
El primero habla de Patrimonio Histórico Educativo y museos pedagógicos. El segundo presenta al visitante los recorridos que puede realizar en el museo. El tercero, recoge las impresiones de Luis Bello en 1926 al visitar las escuelas de Zamora. Y el cuarto, muestra las medidas adoptadas por la dirección del museo sobre accesibilidad cognitiva: pictogramas y lectura fácil.
A continuación, se inicia el recorrido secuencial longitudinal de la evolución del sistema educativo español de los últimos dos siglos a través del pasillo. Este espacio también tiene su propia identidad con la exposición de 16 vitrinas destinadas a presentar temas relacionados con la escuela en cuanto a material, utillaje y recursos didácticos.
La primera aula nos presenta la escuela que surge de la Ley de instrucción primaria de 1857, Ley Moyano. A continuación, se visita el aula de la escuela Republicana. Seguida a ésta se entra en la sala principal de PERSONAJES ILUSTRES y DOCENTES DISTINGUIDOS, de cuyos muros cuelgan los paneles de cada uno de ellos. En ambas paredes laterales se sitúan ocho vitrinas que acogen la exposición permanente de cuadernos escolares del CeMuPe.
De la sala principal se pasa al aula del Nacionalcatolicismo. Al fondo se puede observar el aula de la Transición y, finalizando el recorrido, el aula de la Democracia.
La salida se realiza por la misma puerta que la entrada, de manera que el visitante vuelve a hacer el recorrido y ver el museo desde otra perspectiva. En el patio, los recorridos también son libres, permitiendo acercarse al pretil de la muralla para observar las vistas de la ciudad.